Aunque está construido en el siglo XV, este palacio se levanta sobre restos de siglos anteriores, y se reforma en el siglo XVI y el XVIII.

En este lugar estableció el cuartel general de Francisco Franco el 26 de agosto de 1936, se mantuvo durante 38 días y fue aclamado jefe de Estado antes de su proclamación oficial en Burgos.

Inicialmente este palacio contaba con cuatro torres que levantaron en sus esquinas, pero que actualmente sólo se conservan tres.