Una de las partes mas importantes del museo consiste en una serie de espacios vacíos a los cuales el arquitecto Daniel Libeskind los denominó bajo el nombre de "voids". Estos vacíos representan el vacío físico que resultó de la expulsión, destrucción y aniquilación de la vida judía en la Shoah, que no se puede volver a llenar después del hecho, haciendo visible y tangible esta pérdida a través de la arquitectura.