En 1538, Papa Pablo III Farnese decidió la remodelación de todo el conjunto y fue Miguel Angel el encargado de las obras, éste decidió cambiar la orientación del palacio para dirigirlo hacia la ciudad baja, donde se concentraba la ciudad.
Tras su muerta, las obras continuaron en manos de Giacomo della Porta, quien completó la fachada del Palacio Senatorio en 1605.