Esta construcción es única. Como las dos casas conocidas, la Estructura 12 tiene una plataforma basal con columnas en los extremos, pero hasta allí llegan las similitudes. Su corredor es considerablemente más largo, con seis nichos, una "ventana" de celosía y restos de una modesta pintura mural en su interior. Tiene dos cuartos, uno de ellos pequeño con una ventana de celosía, y el otro muy pequeño. El acceso al cuarto con ventana era notablemente laberíntico. El excavador ha propuesto que la Estructura 12 era el lugar de trabajo de "una chamana".
El mural de la Estructura 12 es el único conocido en la arquitectura prehispánico en El Salvador, pero se encuentra muy deteriorado debido a intervenciones indebidas y falta de conservación