Se ha propuesto que el hogar típico de Joya de Cerén está representado por las Estructuras 1 (la casa, cuyo uso prácticamente se limitaba a ser un dormitorio), 6 (una bodega) y 11 (una cocina)

La estructura 10 fue el centro ceremonial de la aldea. La Estructura 10 comparte algunas similitudes con la Estructura 12 ya que ambas tienen cuartos y corredores cerrados que han sido añadidos al frente de dos edificios principales.

La Estructura 11 es una estructura relativamente sencilla, sin plataforma basal, con una pared de bahareque en el lado con puerta, y paredes de cañas solo parcialmente embarradas en los otros tres. Su interior contenía varias vasijas, una mano y metate, mazos y herramientas de obsidiana